室町幕府—足利尊氏不满后醍醐天皇轻视武士利益的政策，于1335年起兵反叛，1336年攻占京都，立光明天皇为傀儡。11月仿镰仓幕府《贞永式目》制订《建武式目》，共17条。在京都开设幕府。12月，后醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自称正统，形成南北两个朝廷的对立（见南北朝时代）。至第 3代将军足利义满时，幕府达到全盛,1378年在京都室町建成幕府新址,1392年合并南北朝，实现对全和的统治，朝廷名存实亡。幕府机构进一步完善：将军下设管领,总辖幕政,辅佐将军，由足利氏同族的守护大名斯波、细川、□山 3家轮流担任，称“三管领”。其下设侍所司警卫、政所司财政、向注司文书、评定众和引付方司诉讼。其中最重要的侍所首长称所司,由山名、一色、赤松、京极四家轮流担任,称 “四称”，可见室町幕府实际是以将军为中心的强大守护大名的联合政权。将军直辖领地狭小，直属军事力量少，权力不如镰仓幕府初期的将军。统治各“国”的守护大名，拥有领地、武士和家臣团，具有强烈的地方割据性质，自足利义满时起，守护大名的叛乱事件时有发生。由于幕府和守护大名加紧剥削，各地不断发生称作 “土一揆”的地侍、农民联合起义，也动摇了幕府统治。第8代将军足利义政时,爆发统治阶级的大规模内乱应仁、文明之乱（见应仁之乱），从此进入室町幕府后期── 战国时代。此后幕府与守护大名势力均一蹶不振，地方领主与武士则趁机发展势力，彼此混战。农民的反抗也更加激烈，著名的有山城农民起义(1485～1493)和一向宗暴动等。至16世纪中叶一些地方领主与武士已经发展成为控制一方的战国大名,著名的有甲斐的武田信玄、三河的德川家康、尾张的织田信长、中国的毛利元就等。他们在领国内把地方领主组织为自己的家臣团，积极发展工商业，积蓄经济力量，颁布法令，直接统治农民，形成割据势力，而幕府的控制范围仅限于近畿一带。在角逐中，织田信长的力量逐渐超过其他战国大名，1568年进入京都，1573年灭亡室町幕府，日本走上统一的道路。