元太祖十五至十八年(1220～1223)间﹐邱处机应诏赴西域大雪山谒见元太祖﹐受到礼遇﹐命其掌管道教﹐在各地大建宫观﹐全真道进入全盛时期。在发展中﹐因不断侵占佛教寺院﹐宣传“老子化胡”之说﹐引起僧人不满﹐而导致元宪宗八年(1258)的僧道大辩论。结果全真道失败。宪宗诏令全真道归还侵占的寺院200馀处﹐又令道士落发﹐焚毁《老子化胡经》及其雕版。元世祖至元十八年(1281)﹐僧道再次进行辩论﹐全真道又以失败告终﹐诏令除《道德经》外﹐其他道经尽行焚毁﹐全真道遭到沉重打击。元成宗时﹐禁令渐松﹐全真道又见恢复。明代朝廷重视正一道﹐全真道相对削弱。入清以後更为衰落。